为仅重视神秘修行而哲学思想贫乏的宗教派别，实际上在大乘佛教思想的基础上，拥有着深邃的佛学内涵。它的教义不仅融合了多种宗教元素，对佛教学说有着深刻的发展和完善。然而，时至今日，许多人在评价密宗时，往往过于关注其某些晚期的放纵行为，而这些行为并不能代表其教义的核心。密宗，作为佛教发展过程中的一个重要环节，是不能简单地被贴上神秘、堕落或庸俗的标签的。
密宗拥有众多典籍，这些密典在数量上并不色于显教经典。它们展现了对空宗中观方法和有宗分立法相的高度掌握。密宗的思想核心正是大乘思想的精华，并且进一步将这一思想应用于现实生活倡导转变污染为清净，将苦难转化为快乐。这种对现实幸福积极追求的态度，是其他大乘佛教派别所未涉及的。
密宗的哲学基础是菩提心论，其可概括为“大乐”思想。菩提心被视为众生发起修行、证得觉果的愿心，在密宗中，它与佛性、自性等同视。这一理论不难理解，因为佛教中常言，发心即是解脱，心本身就是本性的体现。
密宗对现实世界的认识与空宗相似，它否定世界存在的真实性，认为正因为世界存在着各种不同的现象，所以没有任何现象可以称为世界的本体。密宗认为物质或精神作为不变的本体是不成立的，而只有对立的两极完全合一的状态，才能达到终极的真实体这个真实体超越了所有差异的事象，因此被称为“不二”、“平等”；它不受生灭变化的影响，因此被称为“金刚”；它没有任何污染念，因此被称为“净心”。
密宗的菩提心是超越言语和理论的认识，是一种绝对的形而上的存在。密宗受到大乘有宗的影响，强调转变污染为清净的可能性，并认为在污染中，对污染的正确把握是解脱的关键。
密宗认为染净只是人为的区分，本性并无差异。染与净并非固定不变的状态。《真实摄》中提到：“应知法界无分别，见贪可离斯可罪，是故染净性真常，此中知者无余事。”染性与净性本是一体两面，关键在于如何正确地把握污染。
密宗在处理污染问题时，强调利用污染来达成解脱。这种思想并不是密宗独有的，但密宗明确地将其付诸实践。密宗认为，证悟到污染的本性，染净不二，是达成清净的途径。
密宗在处理淫欲问题时，与其他道德观念有所不同。然而，《大品般若经》中提到，淫净、色净和一切种智净并无区别。密宗认为，不能简单地将污染和对立起来，而应该在更深层次上理解污染与清净的关系。
密宗的基本思路是通过理解和转化三毒（贪欲、愤怒和愚痴），来达成佛道。密宗，善恶、染净、贪不贪等只是人们具体行为中相对存在的状态，人们不应将清净心作为执着的目标，陷入另一种贪欲之中。
密宗并不是为了为恶纵欲寻找借口，而是对人类千百年来沿用的单向思维提出了质疑。密宗与显教一起构成了整体的佛教，今天应得到人们的重视。密宗的发展历程曲折目前在中国西藏地区较为完整地保存了这一形态。
